Prediction Database

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Prediction Database

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该功能允许用户建立包含实验分配波谱的数据库,用于增强类似结构的预测结果。

 

您可以从任何包含分子结构和分配结果的 Mnova 文档中建立1H13C和 X 核(11B15N17O19F29Si31P)核磁共振数据库。

 

建立数据库非常简单,只需打开带有分子结构的 NMR 数据集;进行赋值 ,然后按照菜单 "Prediction/Update 1H Prediction DB"(您也可以通过右键单击 DB 插件的井板视图更新预测数据库,或直接从预测波谱更新)。

 

DBA1

 

这将显示一个新的对话框,其中包含有关分子结构和赋值的信息。在这里,您可以选择数据库字母来保存赋值(从 "N "到 "Z";选择的数据库字母代表可从任何后续预测或搜索中排除的单元。因此,应在整个组织范围内仔细选择数据库字母)。

 

DBA1a

 

这里我们可以看到更新预测数据库后的效果。蓝色波谱对应的是原始数据集,绿色波谱对应的是原始预测(数据库更新前),红色波谱对应的是使用指定实验数据集更新数据库后的预测波谱。可以看出,现在的预测更加准确了!

 

DBA2

 

运行 1H 或 13C 预测时,您可以深入查看任何 13C 用户数据库的预测结果(如果您没有NMRPredict Server许可证,则只能看到您自己的预测数据库;从 N 到 Z)。您可以通过 Modgraph 预测表(按照菜单 "查看/表格/Modgraph NMR 预测/Modgraph 下钻表")或点击 "预测 "功能区的 "下钻表 "按钮访问详细信息。

钻孔

双击某一行后,将显示 Modgraph 预测器用于生成最终预测移位的整个移位列表。

13C_drilldown

然后,您可以通过点击所列移位中的任意一行,访问数据库中每个化合物的详细信息:

13C_drilldown2

 

建立赋值数据库后,加载带有赋值的分子结构,然后选择 "Prediction(预测)"菜单下的任 何结构搜索选项,即可搜索数据库中的结构和亚结构:

 

DBA3

 

您还可以搜索标签:

 

搜索标签

 

选择 "Prediction DB Info(预测数据库信息)"将显示每个预测数据库中每个核的记录数:

 

预测数据库信息

 

最小值和最大值与每个数据库中的条目数相对应,其中删除的条目也计算在内。

 

按照菜单 "预测/浏览预测数据库 "或 "视图/面板/预测数据库浏览器 "浏览数据库:

 

DBA4

 

在该浏览器中,您可以使用 "蓝色箭头 "浏览数据库中的不同化合物。点击此按钮可将指定的分子结构粘贴到 Mnova 中 DBA4a

双击单元格并输入新值,即可编辑任何赋值。更改值后,请单击此图标 DBA4b更新数据库中的更改。单击此按钮 DBA4c从数据库中删除任何分子。

 

点击 "浏览数据库 "按钮,选择另一个数据库字母(从 "N "到 "Z"):

 

DBA5

 

在预测数据库浏览器中,您还可以通过点击每个核的结果图标来运行子结构搜索:

 

DBA4d

 

点击 "预测器属性 "按钮后,可从 "预测核选项 "菜单中选择预测数据库的位置。

 

预测选项

 

请确保您有权限写入上述文件夹(如果没有,则需要更改路径):

 

PredictDirectory

 

预测数据库默认存储在以下位置(具有可写权限)。

- 1H:C:\Users\Username\AppData\Roaming\Mestrelab Research S.L.\MestReNova\NMRPredict\NMR1HDatabase

- 13C and X-nuclei:C:\Users\Username\AppData\Roaming\Mestrelab Research S.L.\MestReNova\NMRPredict\csearchdb2nz

但是,如果您得到的是红色路径,请尝试找到名为 "csearchdb2nz"的 "13C and X-nuclei 文件夹"。然后将 "csearchdb2nz"文件夹复制到任何其他有写入权限的位置(例如 "我的文档 "文件夹或直接复制到 "桌面")。最后在 "预测数据库设置 "对话框中选择路径并尝试更新预测。

 

如果您已经在 Mnova 中加载了分子(或包含多个分子的 SDF)的赋值,则可以通过菜单 "Tools/NMR Tools/Batch Update Prediction DB(工具/核磁共振工具/批量更新预测数据库)"更新预测数据库:

 

更新预测数据库

 

按照菜单 "Tools/NMR Tools/Batch Update Prediction DB"工具/核磁共振工具/批量更新预测数据库),将Mnova 数据库中的赋值导出预测数据库

 

将作业导入预测数据库

 

例如,该脚本可用于将外部预测数据库导入 Mnova 数据库,并从这里将作业导出到 Mnova 预测数据库(与 本章所述的其他脚本结合使用)