Mnova DB scripts

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Mnova DB scripts

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用户可以在 "工具 "菜单中找到数据库插件的一些有用脚本:

 

工具_数据库

 

复制数据库脚本可将数据库导出到任何目的地:

 

复制数据库

 

您可以复制整个数据库或仅复制几条记录。

 

Search MS in chromatogram(在色谱图中搜索 MS)脚本 用于搜索色谱图主要峰下的 MS 图谱。您可以选择评分和容差设置,还可以选择选择模式和每个峰的最高命中数:

 

SearchMS

 

SDF 文件到定义"脚本接收 SDF 文件并输出数据库定义 .xml 文件。然后,数据库定义 .xml 文件可用于创建新数据库,使用脚本/数据库/导入 SDFile 将 SDFile 导入其中,并保留 "所有标记 "和数据。因此,如果要将 SDF 文件的所有标签导入数据库,就需要使用该脚本。

 

使用Play Mnsr File 脚本可以将Mnsr 文件播放到 MnDB 服务器。

 

导出部分,你还能找到一些脚本:

 

导出_DB

 

导出 CSV "脚本可将选定数据库中的所有元数据信息 "转储 "为文本文件格式。

 

导出文档"脚本非常有用,可将 Dabatase 的所有选定化合物作为 Mnova 文档导出到所需目录:

 

导出 DB

 

将分配导出到预测数据库

该脚本用于将第三方预测数据库导出到 Mnova 预测数据库。例如,让我们导入一个包含所有赋值的 SDF 文件(您可以通过加载 SDF 文件并按照菜单 "查看/赋值表 "查看这些赋值)。通过以下步骤,可以将 SDF 文件中包含的分子和作业存储到数据库中:

 

1.使用 "SDFile 到定义 "脚本(在 "数据库/脚本 "菜单下)从 SDF 文件创建数据库定义。

2.按照菜单 "数据库/创建/高级/加载 "并选择步骤 1 中创建的 xml 文件,用所需定义创建数据库

3.使用 "导入 SDFile "脚本将 SDFile 导入数据库(在 "数据库/脚本 "菜单下)

4.最后,可使用 "将作业导出到预测数据库 "脚本将作业导出到预测数据库:

 

将作业导入预测数据库

 

您也可以通过菜单 "Tools/NMR Tools/Batch Update Prediction DB"(工具/核磁共振工具/批量更新预测数据库)将包含多个分子赋值的 SDF 文件加载到 Mnova 中并更新预测数据库:

 

更新预测数据库

 

在 "导入 "部分,您可以找到导入文件的实用脚本

 

导入_DB

 

导入文件脚本允许您将选定目录中的 Mnova 文件保存到数据库中。 该脚本会在磁盘上查找 Mnova 文档,同一文档中的所有内容都会进入同一数据库记录:

 

导入 DB

 

导入页面脚本将把当前文档中的所有页面保存到当前的 Mnova 数据库中。

 

该脚本会浏览当前打开的 Mnova 文档,为每一页创建一条新记录,同一页中的所有内容都会进入同一个数据库记录。

 

导入文件(按位置)将从选定目录中把所需类型的文件保存到数据库中:

 

导入文件 DB

 

对于 "路径掩码",您可以使用通配符,例如,可以是 .*\.mol$;也可以是 .*fid$,然后单击 "确定"。$ 符号在".*fid$"中表示将搜索存储在文件夹结构末尾的 FID(适用于特定分子的所有波谱都集中在同一文件夹中的情况)。

 

该脚本在指定文件夹中查找与给定路径掩码相匹配的主文件。然后,对于找到的每个主文件,它都会根据第二个路径掩码 * 相对于每个主文件位置 * 查找可选文件。根据具体情况,主文件可能是 molfiles,而可选文件可能是 spectra,反之亦然。例如,您有许多波谱(主文件),其中一些有 molfile(可选文件)。或者,您有 molfile(主文件),而每个 molfile 都有零个、一个或多个波谱(可选文件)。

 

例如

\Data\ABC123\ABC123.mol

\Data\ABC123\NMR\XBlah.fid

\Data\ABC124\Molecule.mol

\Data\ABC124\NMR\124.fid

\Data\ABC125/Whatever.mol

\Data\ABC125\NMR\Any.fid

 

导入文件(成对)将导入成对的分子和波谱(第一个波谱与适用文件夹中的第一个分子;第二个波谱与第二个分子,依此类推......),并将它们保存到数据库中。请注意,您必须拥有相同数量的分子和波谱。

 

成对导入

 

路径掩码 "可以使用通配符,例如可以是 */10/pdata/1r,也可以是 */fid,或 */ser。最后点击 "确定",所有选中的波谱和分子都将保存到数据库中。

 

它的工作原理与 Multi-Open 脚本完全相同:您只需给它两个路径掩码,它就会根据相应的路径掩码查找每种类型的文件。文件之间按查找顺序关联。因此,波谱文件和分子文件之间需要有 1 对 1 的对应关系。找到它们的顺序由文件名决定。如果您有两个文件夹(一个是分子文件夹,另一个是波谱文件夹),并且文件可以通过文件名相互关联,则可以使用此脚本。

 

例如

\Data\Molecules\ABC123.mol

\Data\Molecules\ABC124.mol

\Data\Molecules\ABC125.mol

\Data\Spectra\NMR\ABC123.fid

\Data\Spectra\NMR\ABC124.fid

\Data\Spectra\NMR\ABC125.fid

 

ImportSD File "脚本允许你将 SDF 文件中包含的分子导入你的数据库。