3D Molecule

您可以通过菜单 "View/Tables/Molecule/3D Molecule "激活 3D 分子浏览器：

您可以使用"导航工具栏"浏览构象集

分子 3D 结构可通过以下方式管理

-单击鼠标右键并拖动（或上下滚动鼠标滚轮）以放大/缩小分子结构。

-点击鼠标左键并拖动，应用轨迹球 旋转（用户可以控制包含分子的球的移动）。

在该面板中，用户还可以选择渲染模式（线框、棍棒和球棍）。

只需点击工具栏上的相应按钮，然后选择需要分析的原子，即可测量键距、角度和二面体。

点击三维转换功能按钮，将二维分子转换为三维结构，计算每个构象的能量及其数量：

注意：如果无法在查看器中看到三维分子，请在 "首选项/接口"对话框中更改 OpenGL 引擎。

单击 "构象生成器 "选项可选择计算算法：

加载 .mol 文件并使用任何可用选项时，所有可能的构象都将显示在 3D 分子面板中，包括每个构象的能量（kcal/mol）和种群（%）。

 在应用 "距离几何计算 "后，您还可以计算 sp3 碳中的 3J[HCCH] 偶联。接下来，点击 "耦合 "按钮，选择感兴趣的两个原子：

您还可以  通过气球或 GMMX 分析进行三维构象搜索，计算 sp3 碳原子中的 3J[HCCH] 耦合，并确保显示计算出的 J 值：

J 值和线将以不同颜色显示（青色表示 0 Hz，绿色表示 2 Hz，深黄色表示 4 Hz，橙色表示 6 Hz，红色表示 10 Hz，洋红色表示 12 Hz，蓝色表示 16 Hz，白色表示 20 Hz）。

如果您的三维分子中包含显式质子，您可以点击适用按钮进行弛豫分析，此时将显示一个 新的对话框来选择所需的参数：

选择 "选择性 "模拟时，对话框底部将显示名为 "确定所选自旋 "的附加部分：

相关时间值可以手动添加，也可以使用 "相关时间计算器 "进行计算。 

在这里您可以选择不同的方法、溶剂、温度、分子量、粘度、扩散率、分子半径等...

选择以分子量为输入参数的方法时，在分子量字段旁边有一个名为 "to Active Struct "的选项。如果未选中该选项，则分子量可编辑。

负 NOEs 值将显示为白色标签，正 NOEs 值将显示为红色标签，绝对值小于 10 的 NOEs 值将显示为（灰色）深色标签。

点击 "删除当前构象 "按钮即可删除不需要的构象：

您还可以按能级删除构象：

3D 构象搜索 GMMX "工具需要 Stereofitter 插件的有效许可证。