Stacked NMR Processing

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Stacked NMR Processing

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许多类型的实验都需要获取一系列 FID,这些 FID 通过一个或多个参数(温度、浓度、溶剂......)的变化而相互关联。例如,用户可能需要在不同温度下运行多个波谱:270K、300K、330K、360K 和 390K。用户无需获取五组不同的数据,而是可以创建一个数组,在其中依次给出不同值的温度参数。

使用 Mnova 创建叠加(或伪二维)波谱非常简单,只需一个波谱从 "页面导航器 "拖到另一个波谱窗口即可。在下面的示例中,我们将第一页波谱拖入第二页波谱,以生成堆叠图:

拖动堆叠

您可以使用此方法将波谱添加到现有的堆叠图中。在下面的示例中,我们将第二页中的波谱添加为堆叠图的第 19 条轨迹:

拖动堆栈2

您也可以通过在页面导航器中选择所需的波谱(点击每个波谱时按住 "CTRL/Cmd 键"),然后发出 "堆叠/堆叠项 "命令来创建堆叠图:

排列1

 

您还可以通过点击 "自动归一化 "按钮对堆叠图中的迹线进行归一化处理,该按钮 有一个下拉菜单,用于选择该操作适用于全谱(全局)还是缩放区域(局部)。

 

堆叠色带

 

灯泡

注意

 

默认情况下,Mnova 不会在堆叠后删除 1D 波谱。如果您想修改默认值,则需要在菜单 "堆叠/堆叠选项 "中取消选中相应的复选框。

 

此外,Mnova 还可以检测以所谓阵列模式(或伪 2D)获取的波谱,这种模式通常用于弛豫、动 力学或扩散实验。在所有这些情况下,Mnova 将只处理获取的维数 (t2)。基本上,Mnova 只处理数据矩阵的行,默认情况下将以堆叠图的形式显示频谱(见下文):

 

RM1

 

您也可以使用 "工具/导入 "菜单中的"Directoy Spectra Stack " 脚本,从同一文件夹中导入所有波谱并创建堆叠图

 

 

灯泡

关于叠加波谱的一些提示

 

- 在属性对话框中(通过双击波谱窗口)将堆叠角度更改为零(默认为 15º)。

- 使用 "处理/归一化 "命令对波谱进行归一化处理(如果波谱的强度不同)。

- 点击叠加图中所需的迹线,使其突出显示。

- 将一个波谱拖到另一个波谱上,即可创建叠加波谱。

 

显示模式:

 

下面将介绍处理阵列波谱的主要功能:

 

- 多种显示模式:堆叠、叠加、活动、位图、水平堆叠。

- 可选择多个波谱,并只对所选波谱进行处理

- 可隐藏任意数量的波谱

- 可在叠加图模式下通过图形或表格进行多重选择

- 新的强大算法可自动对齐阵列波谱

- 可自动导入任意数量的波谱并自动叠加

- 提取 NMR 描述符(如积分)的选择模式,可根据任何剖面调整其形状(在峰值未对齐时非常有用)

 

众所周知,阵列数据集有多种显示模式,如堆叠、叠加、活动或位图。您可以使用相应的下拉菜单选择模式:

 

堆叠图模式

 

活动频谱":只查看突出显示的频谱。在该模式下,您可以使用 Shift+ 鼠标滚轮(或方向键向上和向下)浏览堆叠图中的所有波谱。

活动光谱

堆叠":以阵列模式查看所有波谱。您可以在 "属性 "对话框中更改角度。

 

堆叠角度

叠加":查看所有叠加波谱(一个叠加另一个)。

 

叠加

 

加载一维 NMR 波谱的叠加图还会在三维查看器中显示结果

 

叠加_3D

 

对于代谢组学研究而言,叠加多个波谱并比较其形状非常重要,例如可以识别哪些波谱是异常值。在这种模式下,当用户将某个波谱设置为活动波谱时,该波谱曲线将以更粗的曲线显示:

叠加2

按照菜单 "Home/Properties/Stack"(主页/属性/叠加)自定义 "活动笔宽度因子"(默认为 2.00)和 "辅助透明度":

堆叠道具

 

图":以位图模式查看所有波谱。

 

位图

 

水平叠加:水平叠加显示波谱。

 

水平堆叠

 

 

按类堆叠

按类堆叠 "模式与 "堆叠 "模式类似,但在这种情况下,所有同类项都会叠加在堆叠的同一行中。没有类别的项目会叠加在同一行。

 

当未选择排序时,将尽可能保持项目的原始顺序(考虑到它们是按类别分组的)。

 

当标题可见时,活动项的标题会显示在相应的行中,如果活动项不是该行中的活动项,则会显示类中第一个项的标题

 

按类堆叠

 

多波谱选择

 

Mnova 包含一个功能强大且易于使用的多波谱选择模式,用户可以通过选择一组波谱并应用任何处理(例如对所选波谱组进行手动相位校正)来优化波谱组的处理。

 

可从堆栈中以图形方式或直接从表格中选择多个波谱

 

此外,Mnova 还能隐藏排列项目中任意数量的波谱。

 

以图形方式选择波谱

 

为了能够用鼠标以图形方式选择一组波谱,必须以堆叠图模式显示波谱。

 

要选择单个波谱,请在按住 Alt 键的同时左键点击波谱轨迹

取消选择波谱: 左键 + Ctrl + Alt

 

默认情况下,所有堆叠项都被选中,只有当它们未被选中时才会绘制灰色阴影。您可以在  坐标轴可见时点击 类别 坐标轴标签来切换项目选择  。
 

堆叠选中_2

 

有一种以图形方式选择项目的模式(仅适用于堆叠和水平堆叠显示模式)

 

图形选择

 

1.按住 Shift 键将追加到当前选区。

2.按住 Ctrl 键将减去当前选中的内容。

3.不按任何一个键都将设置当前选区。

 

要选择多个波谱,请按照上述相同操作,同时按住Alt 键和/或 Shift 键

下面的幻灯片将展示如何选择多组波谱

 

一些重要概念: 活动波谱与选定波谱

 

选中波谱:选中波谱后,它们会以淡蓝色背景高亮显示。任何处理操作都只针对这些选中的波谱

活动波谱:活动波谱用蓝色方框标记,表示将在 活动波谱显示模式下显示的波谱。它也是某些处理操作(如对齐)中使用的参考波谱

 

活动与已选

 

您还可以使用 "堆叠项目表 "右侧的复选框选择多个幻灯片。波谱被选中后,会以淡蓝色背景高亮显示。任何处理操作都将只针对这些选中的波谱。

 

堆叠选择

 

示例 #1:

如果没有选中波谱,且活动波谱也未选中(即没有蓝色背景的波谱),则任何处理操作都将应用于所有波谱(活动波谱未选中)。

 

活动2

 

示例 #2:

如果只选择了活动波谱,则任何处理操作 将只应用于活动波谱。 (记住,要选择一个波谱:左键 + Alt)

 

active selected

 

示例 #3:

一般情况下,任何处理操作都将仅应用于所选波谱 (请记住,如果未选择任何波谱,则将处理所有波谱):

 

选中的光谱

 

另请参阅 "堆叠项目表

 

要在堆叠图中浏览轨迹,请按住SHIFT并使用向上或向下箭头键(或使用鼠标滚轮)。默认情况下,活动轨迹将以蓝色矩形高亮显示,而选中的轨迹将以浅蓝色背景高亮显示(这些 标记不会输出到堆叠图中)。任何处理操作都将只针对这些选定的波谱。

 

请注意,在一些奇怪的情况下,Mnova 会将某些阵列数据集显示为 2D 图。在这种情况下,只需按照 "分析/更多工具/二维到一维叠加 "功能区进行操作即可:

 

stack2D

 

在导入自动相叠谱时导入自动相叠谱的脚本。

在菜单 "Tools/NMR Tools"(工具/核磁共振工具)中,您可以找到几个脚本,用于对堆叠图进行自动相位校正:

 

自动相位叠加

 

-当前自动相位,其余相同相位对活动波谱进行自动相位校正,并将得到的 PH0 和 PH1 值应用于堆叠图中的其他波谱。

-与电流同相活动波谱的 PH0 和 PH1 值将应用于堆叠波谱中的其他波谱。