Molecules Editor |
|
Mnova 包含一个基本的 "分子编辑器"，该编辑器将在即将推出的软件版本中得到改进。该编辑器包括一个功能强大的工具栏，用于绘制分子：
通过 "绘制 "模式，您只需点击任何空白区域即可在波谱窗口中绘制碳原子。点击任何现有原子都会增加一个碳原子。如果点击单键，则会得到双键（点击双键则会绘制三键）。
通过键的上下文菜单（右键单击键）也可以得到相同的结果。编辑键 "对话框允许您更改键的类型（单键、双键、三键、上键、下键）或设置键的标 签（例如添加立体化学符号）：
您只需将鼠标悬停在原子上并输入相应的字母（如 "o "表示氧，"n "表示氮，"b "表示硼，"b "加 "r "表示溴，或更复杂的标签，如 Me、Ph、COOH 等）即可更改原子。请确保您在 "文件/首选项/分子 "中设置了键盘编辑选项。
您也可以通过双击原子显示 "编辑原子 "对话框来更改原子。在此您可以更改原子名称（例如从 C 改为 F）。
如果您的分子中同时加载了波谱，则需要在键入相应字母之前选择任何分子绘图工具（从 分子草图工具栏）（除非您激活了 "分子偏好设置"，使 "键盘编辑 "功能始终可用）。更多信息请点击此处。
在 "编辑原子 "对话框中，您可以通过输入 $ 前缀为数字添加希腊字母；例如，$a, 4$b, 22$g$d21 将转换为 α, 4β, 22γδ21。
您可以在 "分子窗口 "面板（"视图/面板/分子窗口"）中绘制盐类，只需在其中绘制两个成分即可。要绘制 NH4+ 成分，您需要先绘制 CH4，然后将鼠标悬停在N后输入+（添加正电荷）：
您可以通过绘制两个组分、选择它们、右键单击任意一个分子并选择 "合并所选分子 "来 得到相同的结果：
Mnova 不允许添加新原子（点击现有原子）或更改原子键类型（如果这会导致原子价超标）， 但允许您通过拉伸现有原子键来创建新原子。在这种情况下，旧原子将被标记为无效化合价：
添加/删除新原子或更改化学键类型时，Mnova 也会自动更改原子价（例如氮原子的价为 3-5-3）。
绘制链：点击此按钮后，通过单击、按住并拖动绘制链：
Stereo Bonds（立体键）： 使用下拉菜单绘制立体键和坐标键 点击任何立体键都将改变其方向。
您可以在删除原子的同时删除原子键（按住 Ctrl/Cmd 键）。按住 Ctrl/Cmd 键的同时删除套索选中的多个原子，可以保留相邻的末端原子。
在 "分子模板 "下拉菜单中，您可以绘制循环：
按住 "Shift 键 "的同时添加循环模板，即可绘制 Spiro 原子。
点击 "分子模板 "按钮可以加载更多模板。选择所需模板后，只需点击分子，然后再次点击波谱窗口即可粘贴分子结构。
您可以按住 shift 键并点击所需的原子，将任何模板添加为螺化合物。
您也可以通过点击 "Import（导入）"按钮并加载包含分子结构的 .SDF 文件或点击 "Molecule Ribbon（分子功能区）"的 "Add Molecule to user Templates（将分子添加到用户模板）"按钮来创建自己的用户模板。
键盘分子编辑器 （快捷键：Ctrl+E）： ，无需使用鼠标即可绘制分子。将鼠标悬停在按钮上可在工具提示中找到快捷键：
Expand Labels（扩展标签）：用于绘制带有压缩基团的分子，并通过右键单击相应的基团来 扩展标签：
您可以通过启用 "Preferences/Molecule（偏好设置/分子）"中的 "Expand labels on importing（导入时展开标签）"选项以及点击分子工具栏中的 "Expand Labels（展开标签）"按钮来展开标签。
使用宏编辑器（在常规选项卡下）添加自由文本标签和分子属性中的几个参数。
分子标签存储在布局模板中，在应用模板时也会应用。另请参阅 "属性"章节（有关宏编辑器的更多信息）
合并所选分子（Merge Selected Molecules）： 用于将多个片段合并为一个独特的结构。
Unmerge Molecules（解除 合并分子）： 将合并的分子拆分成独立的结构。
括号工具： 用于绘制聚合物。点击该按钮将显示一个包含不同括号选项（样式、类型、重复模式和索引）的对话框。
只有在打开该对话框时才能绘制括号。我们必须选择所需的属性，然后在分子的所需区域绘制括号。这样就可以在关闭对话框之前绘制任意数量的括号（必要时更改设置）。
在分子中绘制多个括号时，最后绘制的括号将以红色高亮显示，直到关闭 "括号属性" 对话框或绘制下一对括号为止：
右键单击选定的括号，从右键菜单中选择 "Edit Bracket（编辑括号）"，即可编辑该括号。该括号将以红色高亮显示，并显示 "括号属性 "对话框：
移动模式：该模式允许您通过点击和拖拽移动原子或原子键。
在该模式下，您还可以使用套索模式（在分子的所需部分点击并拖动鼠标）选择多个原子 （例如删除它们）：
当您选择一个原子，将其移动到另一个原子上并松开鼠标键时，只有最后一个原子会保留 （除非第一个选择的原子为非碳原子，而第二个选择的原子为碳原子）。
三维转换 该功能可将二维分子转换为三维结构，并计算每个构象的能量及其数量。
注意：如果无法在查看器中看到三维分子，请在 "首选项/界面"对话框中更改 OpenGL 引擎。
单击 "构象生成器 "选项可选择计算算法：
这样，用户就可以将不同的引擎（如 gmmx、rdkit 和 balloon）结合起来，创建 3D 构象列表。然后，可以通过均值聚类或 RMSD 缩减这些列表，从而生成最相关的构象的小列表。
拥有Stereofitter许可证的用户可以使用 GMMX 构象搜索和优化功能：
对话框分为四个步骤：结构、构象、优化和聚类/运行。每个步骤都可以配置为使用不同的引擎运行，每个引擎也可以配置不同的选项。单击 "重置"（Reset）按钮后，将恢复默认的引擎组合以及每个引擎的默认选项。
加载 .mol 文件并使用任何可用选项时，所有可能的构象都将显示在 3D 分子面板中，包括每个构象的能量（kcal/mol）和数量（%）。
您只需点击 "删除当前构象 "按钮即可删除不需要的构象：
您还可以按能级删除构象：
3D 构象搜索 GMMX "工具需要获得 Stereofitter 插件的有效许可。
生成立体异构体： 它将显示给定分子结构（以普通键绘制）的所有可能立体异构体。
如果给定的分子包含任何立体键，则在计算立体异构体时将该键视为固定键。
生成立体异构体后，将其复制到化合物表时，每个结构的立体信息都将添加到 "Label（标签）"标签中：
工具 该功能区允许您添加/删除分隔符，并在外部数据库（eMolecules 和 BMRB）中搜索分子。
选择 "Add Separator（添加分隔符）"后，鼠标将变为剪刀图标，您可以（按住左键）在 结构中画一条细线将其分隔。随后，分子上会显示一条红色虚线，并显示分割线上片段的分子质量。
您可以随意绘制分割线；选择 "移除分隔线 "工具后，所有的分割线将被一次性移除。
分子搜索 "功能允许您通过分子结构（或化合物名称）在 eMolecules 和 BMRB 数据库中进行搜索：
如果在数据库中找到命中的分子，您可以下载分子和波谱（如果有的话），并在 Mnova 中进行处理。
下面是 BMRB 数据库中葡萄糖数据集的示例：
原子重新编号： 它需要一个地图文件、一个输入 .mol 和一个输出 .mol。输出将是原始的 .mol 文件，但所有原子编号都会按照映射文件中的定义进行更改。
映射文件应包含两列，第一列为当前编号，第二列为所需编号。下面是映射文件的示例：
输入 输出 1 1 2 2 3 5 4 4 5 3 6 6 7 7 8 8
请注意，您并不需要所有原子的完整列表，如果您想交换两个原子，可以使用这样的映射文件：
输入 输出 3 5 5 3
原子 该功能区包括添加正/负电荷（只需按 + 或 - 键即可为任何原子设置电荷）、自由基、添加/删除显式 H 以及归一化、锁定或连接编号等功能。
在基态模式下，第一次点击原子后，会出现单原子符号（- 符号）。第 2 次点击后，将显示二叉（Singlet）符号（-- 符号）。点击第 3 次后，将显示二重（三重）（^^ 符号）。最后，点击第 4 次后，根号将消失。
Normalize Numbering（归一化编号 ）按钮对整个选定分子进行重新编号。 您可以 在 " 偏好设置 "中 选择是否要对导入（或粘贴）的 mol 文件（以及在连接片段时）自动重新编号；如果您在不同的应用程序中绘制了两个相等的分子，或以不同的顺序绘制，而您又希望对编号进行归一化处理，那么该功能将非常有用。
Normalize Explicit Hydrogen Numbering（显式氢编号规范化）"工具仅对显式氢进行编号，使其与重原子序数一致（附加 a、b、c...字母）：
锁定编号 工具将固定所选结构部分的编号（使用套索）。被固定的原子将显示黄色背景：
点击 "Concatenate Numbering（合并编号）"按钮将删除文档中所有分子的重复原子编号。高亮显示的分子将被重新编号，这样原子编号就不会重复（从一个分子到另一 个分子之间会留有空隙）。分子重新编号的顺序取决于分子的大小（最大的分子将保留其编号）。
复制编号 "功能会将所选分子的编号作为模板，并将其应用到文档中与所选分子相同的所有分子。在处理具有不同编号的构象时，该功能对 Stereofitter 插件非常有用。
微笑 从剪贴板粘贴微笑字符串或点击 "Smiles to Molecule（将微笑转换为分子）"按钮后，Mnova 会将微笑字符串转换为适用的分子结构：
如果您有分子结构，则可以点击 "Molecule to SMILES（分子到 SMILES）"按钮获取微笑 字符串：
Inchi： 您只需将相应的 .inchi 文件载入 Mnova（或点击 "Inchi to molecule（Inchi 转分子）"按钮并粘贴 Inchi 字符串），即可将分子结构载入 Inchi 文件。
您还可以将分子结构转换为 Inchi 和 Inchi 键函数。
生物序列： 点击 "Biosequence Tools（生物序列工具）"按钮后，将显示一个对话框，允许您使用 20 种标准氨基酸和几种非标准氨基酸绘制肽：
打开新的 "生物序列工具 "对话框后，光标将变为多肽模式，只能使用 1 或 3 个字母的代码绘制多肽。只需选中相应的切换按钮，就可以添加 D 或 L 氨基酸：
绘制肽链后，右键单击并从上下文菜单中选择相应选项，即可切换序列：
选择肽链中的 AA 并点击想要添加的 AA，即可在肽链中添加氨基酸。要删除氨基酸，只需从分子功能区选择 "Delete Atom/Bond（删除原子/键）"模式，然后点击氨基酸（将鼠标悬停在氨基酸上并按下删除键也可以）。
绘制肽链后，只需右击氨基酸并选择 "Expand Labels（扩展标签）"，即可扩展氨基酸：
点击分子功能区的 "Expand Labels（扩展标签）"按钮，可以扩展整个肽序列：
|
