Verification in batch mode

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Verification in batch mode

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Mnova Batch Verify 可对分析数据进行评估,并判断这些数据是否与用户在全自动模式下(通过库或使用监听器在数据采集点)提出的结构相匹配。该插件单独销售,需要特定许可证。您需要按照菜单 "文件/高级插件 "并点击 "蓝色加号 "按钮,或者直接在 Mnova 中拖放 XML 文件,安装 Mgears 和批量验证砖。

获得此插件的许可后,您可以通过菜单 "Automation/Mgears "在 Mnova 中以批处理模式运行验证。在 "输入/磁盘 "选项卡中,您可以选择硬盘中的文件位置(数据集和分子)。单击 "Automatic Inspection(自动检测)"按钮将检查基础目录中的数据集:

批量验证1

 

如果点击 "切换 "按钮,您可以选择波谱和分子的掩膜(而不是自动检测):

 

批 qNMR

 

掩码:如果希望使用 1H 波谱作为验证的一部分,则必须在此处输入文件掩码,说明 如何打开每个波谱。所有操作系统标准约定均适用(*、?、!等)。

 

掩码 "下拉菜单将显示最近使用的 5 个掩码。请注意,您可以同时使用多个掩膜,方法是用字符 | 分隔掩膜。如果从列表中选择了掩码,则会自动插入该分隔符。

 

分子也可以这样做:

 

批量验证2

 

主目录: 可在此处输入要验证的 .mol (或 .sdf)文件的位置,以及每个文件的文件掩码。

 

自动化功能可选择以相同名称(因此用户应将 mol 或 sdf 文件重命名为与波谱相同的名称)或相同顺序(在这种情况下,用户应确保波谱和 molfiles 在各自位置的顺序相同)运行波谱和分子。如果直接处理包含分子结构的 Mnova 文档(而非原始数据),则无需填写分子文件位置。

 

选择 "数据库 "选项卡可以从现有的 Mnova 数据库中选择输入内容:

 

MGears_qNMR3

 

您还可以作为监听器运行批量验证。Mnova 可以 "监听 "一系列文件夹或驱动器,并在获取和保存数据时抓取数据,自动运行验证分析,将结果保存在选定的文件夹中。验证监听器的设置可在 "实时 "选项卡下进行选择:

 

MGeats_qNMR4

 

在这种情况下,您需要选择数据集文件夹的路径(并点击 "红色加号按钮 "将其添加到 "监听文件夹 "列表中)、要导入的实验类型和分子路径文件夹。请注意,如果您只使用一个监听文件夹,则每个波谱文件夹的名称必须与适用的分子 文件名称 相同 ,并且分子文件夹必须事先加载到监听器文件夹中(在运行监听器之前)。

 

如果您为波谱选择了一个特定的监听器文件夹,而为分子选择了另一个监听器文件夹,那么分子和波谱将根据 mol 文件的名称和传输波谱的一级文件夹进行分组。

 

在 "处理 "选项卡中,您可以替换默认溶剂(这允许您处理参数中溶剂可能有误的情况)、添加盲区、使用处理模板或启用 "建议 "处理设置:

 

MGears_qNMR4

 

选中脚本复选框,可以在自动化启动时运行脚本(启动脚本),或在打开数据集后每个数据集执行一次脚本。

 

在插件选项卡下,您可以为分析选择验证设置、选择布局模板以及自定义报告和通知:

 

批量验证3

 

预测和比较:与单一模式验证一样,这只是设置验证完成后向用户展示数据的方式。如果选择该选项,用户将看到实验波谱和预测的 1H 波谱的叠加,如果不选择该选项,用户将只看到实验波谱。

 

参考 1H:您可以  将波谱绝对参考 1H-NMR 波谱

 

先验置信度:如果先验概率为 50%,这意味着我们对结构的质量没有任何先验知识,因此新得分将与未应用先验概率概念时的得分完全相同。
另一方面,先验置信度的数值越高(即 95%),得分就越高(显著性不受影响)。这就好比说我知道我 95% 的分子总是正确的,所以请使用这一先验知识来计算分数。先验置信度值低于 50%,分数会下降(我知道我的大部分分子都是错的,所以请考虑这一点)。

Replace Default Solvent With(用默认溶剂替换):该选项允许用户处理参数中溶剂可能有误的情 况。可能出现的情况是,某个批次已在特定溶剂上运行,但用户在波谱仪数据录入中留 下了默认溶剂,因此溶剂可能被错误输入。由于目标溶剂会影响 Mnova Verify 中自动编辑功能的性能,因此必须能够在脚本级别对此进行纠正。

设计 "选项卡允许您使用布局模板,而 "输出 "选项卡则用于选择包含结果的文件夹(可选择将结果保存为 Mnova 文档、PDF 或现有数据库):

 

MGears_qNMR6

 

设置选项卡用于选择输入(数据集和分子)的自动检测掩码:

 

MGears_qNMR7

 

分析完成后,可以使用 Mgears Viewer 检查结果。您需要导航到 "results"(结果)目录,然后选择 "data"(数据)子文件夹:

 

Mgears_verify_viewer

 

点击每一行或孔板,就会在 Mnova 中加载数据集,以便您在必要时进行修改。在 Mnova 文档中所做的更改将在查看器中自动更新。

 

在查看器中,您可以加载/保存/清除、将报告复制到剪贴板(默认情况下)并将结果保存到数据库中。

 

Mgears Verify 还会生成一个日志文件,其中包含已运行验证的一些基本信息(运行时间、数据集数量等)、用于验证的 Mgears 设置以及一个摘要 html 文件,该文件可在任何网页浏览器中打开,并包含一个显示所有数据集验证结果的表格。

 

ASV_docs

 

在文档子文件夹中,您可以找到 Mnova 文档,以便进一步查询数据或了解意外故障等背后的细节。

 

要查询结果并了解结果,用户应使用任何网络浏览器打开 ´result´ html 文件。该文件将在单一视图中显示

-一些基本的验证参数(运行时间、数据类型)

-包含所有数据集汇总结果的井板

-一个扩展表,包含每个数据集的最终结果以及每个数据集的所有单独测试结果

-生成的 .mnova、.csv 和 .pdf 文件以及原始文件(fid、mol 等)的链接,以便用户快速查看需要检查或进一步研究的特定结果。

 

ASV_result2